Mittelalter
Der Hof Rein: Das Kloster Murbach im Elsass, 727 gegründet, erhielt aus fränkischem Königsgut viel Land geschenkt. In diesem Geschenk war auch der Hof Rein enthalten. Dies war aber nicht nur ein Bauernhof, sondern die Grundherrschaft über ein Gebiet, das der (alten) Kirchgemeinde Rein entspricht, also gehörte auch Villigen dazu.

Um das Jahr 750 Bau der Missionskirche Rein. Sie wurde dem Heiligen Leodegar geweiht.

Im Laufe der Zeit baute man in den Dörfern noch Kapellen, so in Villigen eine Johanneskapelle, in Remigen eine Petruskapelle und in Hinterrein eine Ulrichskapelle.

Die Burganlagen in Villigen: Dem Abte von Murbach stand allein das Recht zu, in seinem Gebiete Burgen zu bauen. Allerdings konnte er auch andere Adlige mit diesem Recht belehnen. Villigen hatte zwei Burganlagen, die vor 1291 gebaut wurden: So eine Burg im «Oelberg» (kein alter Name) und den Besserstein auf dem Geissberg. Von keiner dieser Anlagen ist bekannt, wer sie baute.

Vom «Oelberg»: Diese Burg muss um 1100 bis 1150 bewohnt gewesen sein. Der Chronist Thomas Schöpf nennt 1577 die damals schon zerfallene Anlage «Drossingen». Letzte Ausgrabungen im Jahre 1962, (siehe Brugger Neujahrsblätter von 1963.)

Vom Besserstein: Wer baute hier, wer bekam das Recht dazu, die Kyburger, die Habsburger oder einer des kleinen Rittergeschlechtes «von Villigen» mit der Bärentatze im Wappen? Wir wissen nur, dass 1244 Gräfin Helwig von Kyburg mit ihren Söhnen Rudolf (der spätere König), Albrecht und Hartmann von Habsburg auf dem Besserstein über Güter bei Kappel am Albis urkundete. 1259 waren Rudolf von Habsburg und Gottfried von Habsburg-Laufenburg mehrmals auf dem Besserstein.

Die «von Villigen» mit der Bärentatze im Wappen müssen schon früh in die Gegend von Bremgarten weggezogen sein.

War Villigen einmal eine Stadt? Thomas Schöpf meinte es. Vielleicht war mit dem Bau des «Oelberges» so etwas geplant.

Villigen, erste schriftliche Nennung: Das «Historisch-biographische Lexikon der Schweiz» gibt das Jahr 1247 an. Aber das Dorf Villigen gab es schon mindestens 700 Jahre früher.

1291 verkaufte der Abt von Murbach seine Besitztümer südlich des Rheins an König Rudolf von Habsburg. Dabei war auch der Hof Rein mit dem Burgstall Besserstein.

Das Habsburger-Urbar von 1306 gibt ein Verzeichnis der Güter und Rechte der Habsburger in Villigen. Ein kleinerer Teil der Güter ist unter dem Amt Rein erwähnt, ein grösserer Teil unter dem Amt Bözberg, so ein Meierhof und ein Weingarten und der Besserstein. Urbarisiertes Land gab es nicht nur auf dem Felde, sondern auch auf dem Geissberg und dem Rotberg. Die Güter, die unter dem Amt Bözberg genannt sind, müssen schon vor 1291 an die Habsburger gekommen sein.

1345 verschenkte Königin Agnes von Ungarn, Tochter des bei Windisch ermordeten Königs Albrecht, die Kirche Rein mit allen ihren Einkünften aus Zehnten und Widum gütern dem Klösterlein Wittichen im Kinzigtal im Schwarzwald. Herzog Albrecht von Habsburg bestätigte diese grosszügige Schenkung. Im Jahre 1439 stifteten die Klosterfrauen von Wittichen der Kirche Rein eine sehr schöne Glocke. Es ist die zweitgrösste des heutigen Geläutes, die Totenglocke.

1458 werden aus dem Villiger Gemeindebann Weidegebiete für Stilli ausgeschieden. Die damals festgelegten Grenzen entsprechen genau den Grenzen des heutigen Stiller Gemeindebannes. (Urkunde im Gemeindearchiv Villigen in einer Abschrift aus der Zeit um 1600.)