Jungsteinzeit
Funde im Oberfeld, im Zeigli und in der Langfure aus dem dritten Jahrtausend v. Chr. sind bekannt.

Mittlere bis späte Bronzezeit
Obsteinen: Bei einem Leitungsgrabenaushub in der Strasse wurden an drei Stellen Kulturschichten mit Keramikscherben gefunden, darunter waren auch zwei Fragmente mit Kerbschnittverzierung und eine Bronzenadel. Alle Funde stammen aus der Zeit von 1500 bis 1000 v. Chr.

Spätere prähistorische Zeit
Schürmatt: Bei Grabarbeiten werden etwa Scherben aus grauer Keramik gefunden. Bis jetzt war noch keine Datierung möglich.

Refugium auf dem Geissbergsporn zum Besserstein: Schanz und Graben ca. 400 m westlich vom Besserstein, prähistorisch. Bis heute liegen noch keine Funde vor.

Römerzeit
Schürmatt: Bei Grabarbeiten stiess man auf Mauern. Sie gehörten zum Badetrakt eines römischen Gutshofes. Dieser war um das Jahr 200 n. Chr. bewohnt. Er überlebte wahrscheinlich aber den Alemannensturm von 269/70 nicht.

Besserstein: Dort wird ein römischer Wachturm vermutet, er ist aber noch nicht gefunden worden.

Rotberg bei Punkt 603: Dort wurden die Fundamente eines römischen Wachturmes ausgegraben. Grundriss 4 auf 4 Meter, Mauerstärke 60 cm. Die dabei gefundenen Münzen sind aus der Zeit 260 bis 375 n. Chr.

Völkerwanderungszeit
Gagenacker: Bei Aushubarbeiten für den Neubau des Lagerhauses Schwarz stiess man auf ein alemannisches Gräberfeld. Etwa 30 Gräber wurden untersucht. Reiche Funde aus der Zeit von 570 bis 650 n. Chr. Waren es die Gräber der Gründer und Namensgeber des Dorfes Villigen?