Die Franzosenzeit
Am 30.1.1798 erhielten 40 Mann aus Villigen Reisgeld und Abschiedstrunk wegen einem Kriegsfeldzug. Im Februar erhoben sich die aargauischen Städte gegen Bern. Der Aufstand wurde niedergeschlagen. Die Landschaft hielt zu Bern. Die blutigen Ausartungen der französischen Revolution waren nun auch hier bekannt geworden.

Nach einem Sieg über die französischen Truppen bei Neuenegg und der Niederlage im Grauholz kapitulierte Bern am 5.3.1798, da es auch von den übrigen Eidgenossen im Stich gelassen worden war. Die Franzosen zogen in Bern ein und führten die Staatskasse nach Paris weg.

Nun errichtete auch Villigen einen Freiheitsbaum. Der Wein für dessen «Begiessung» musste in Brugg geholt werden.

Im Mai 1798 erhielt das Dorf eine französische Besatzung. Diese wurde in den Häusern einquartiert. Dorf und Felder wurden geplündert und Leute, die sich wehrten, erschossen. Ab etwa Mitte Mai mussten Requisitionsfuhren für die Besatzungstruppen geleistet werden.

Zu allem Elend ging am 8. Juli ein sehr schweres Hagelwetter auf unsere Gegend nieder. Der Schaden wurde auf 18'628 Gulden geschätzt. Die «Helvetische Nation» zahlte 1799 daran 6717 Schweizerfranken.

Am 19. August 1798 schlossen Frankreich und die Helvetische Republik eine Offensiv- und Defensivallianz, was für die Schweiz die Stellung von Truppen an Frankreich, aber auch die Aufgabe der Neutralität bedeutete. Dieser Vertrag stiess in der Bevölkerung auf grossen Widerstand. Massenhaft wanderten junge Burschen nach Deutschland und Oesterreich aus. So auch zwei Villiger, die ins Regiment des Obersten Roverea (ein berntreuer Waadtländer) eintraten. Diese beiden starben 1802 im Spital in Stainz in der Steyermark.

Im Februar 1799 brach der zweite Koalitionskrieg los. Die Schweiz wurde Schauplatz eines europäischen Krieges und musste all das damit verbundene Elend erdulden. Franzosen unter General Masséna standen Oesterreichern unter Erzherzog Karl und Russen unter General Korsakoff gegenüber. Nach der ersten Schlacht bei Zürich, die für die Franzosen ungünstig verlief, lag Villigen an der Frontlinie und bekam massive Truppenansammlungen der Franzosen zu spüren. Neben der französischen Wache und Einquartierungen im Dorfe gab es noch ein Lager in der Chlopfmatt, eines in der Tüelimatt und eines auf der Breiti. Ueber die Mannschafts- und Trossstärken ist nicht viel bekannt. Durch Requisitionen und Plünderungen eignete sich die Truppe an, was sie wollte. Der Wald auf dem Geissberg wurde schwer geschändet, nicht nur durch die Truppe, sondern auch durch die Bevölkerung der umliegenden Gemeinden.

Eine sehr grosse Belastung für Mensch und Tier waren die Requisitionsfuhren. Ueber 900 Fuhren mussten ab Mai 1798 bis April 1800, dem Ende der Besetzung, geleistet werden.

Nach der Schlacht bei Döttingen am 17.8.1799 und dem Rückzug der Alliierten nach Osten liess der Druck auf die Aaregrenze nach.

1799 sollte ein Rekrut an die Franzosen geliefert werden. Da aber kein Villiger gehen wollte, kaufte die Jungmannschaft einen Auswärtigen und lieferte ihn ab. Das gleiche Manöver wiederholte sich 1813 nochmals.

Die Jahre 1812 bis 1815 brachten wiederholt Durchmärsche alliierter Truppen durch die Schweiz in beiden Richtungen. Wieder wurde Villigen mehrmals durch Besetzungen, Requisitionsfuhren, Requisitionslieferungen von Heu und Hafer betroffen. Auch wurden Leintücher für Spitäler requiriert. Ueberall war grosse Seuchengefahr. Dann endlich war die lange Kriegszeit zu Ende.