Bernerzeit
1460 Das Amt Schenkenberg mit den Aemtern Bözberg und Rein und damit auch Villigen kommt an die Stadt Bern. Schenkenberg wurde nun bernisches Oberamt mit einem Obervogt, der auf dem Schloss Schenkenberg residierte. Nach dem Zerfall dieses Schlosses zog er auf das Schloss Wildenstein.

Die wehrfähigen Männer des Amtes Schenkenberg haben mit der Stadt Brugg Kriegsdienst zu leisten. Reispflicht mit der Stadt Brugg.

1484 Freiung der Eigenleute. Die Eigenleute im Amte Schenkenberg kaufen sich für gesamthaft 100 Gulden von der Leibeigenschaft los.

Das Urbar von 1492 nennt die Einkünfte aus dem Amt Schenkenberg.

Unter Villigen wird auch ein Hof auf dem Geissberg erwähnt. In der Guntenmühle ist Verena Vogt Müllerin. 1509 ist ein Werna Vogt Guntenmüller. Aus dieser Familie Vogt stammten auch Cunrat Vogt und Henman Vogt, die damals die obere Mühle in Schinznach zu Lehen hatten.

Im Schwabenkrieg von 1499 wurden die Dörfer vom Rhein bis Remigen zerstört, also auch Villigen.

Aus einer Urkunde von 1509 vernehmen wir erstmals von Mattenwässerung.

Das Wasser des Mühlebaches und des Hasenbrunnens darf nur vom Samstag nach der Vesper bis Sonntag nach der Vesper zur Mattenbewässerung benützt werden.

Im Urbar des Klosters Wittichen vom Jahre 1516 (im Stadtarchiv Brugg) finden wir folgende Widumgüter in Villigen verzeichnet:

Die 5 Hofstätten lagen warscheinlich bei der Kirche, Obchilen und Vortor.

Der Bauernkrieg von 1526 verlief im Bernergebiet ruhig. Die Leute stellten Begehren um die Nutzung von Herrschaftswald und um Jagdrechte. Die Leibeigenschaft war ja, im Gegensatz zu anderen Gebieten, schon abgeschafft worden.

1528 Einführung der Reformation im Bernergebiet.

Villigen hat auf dem Geissberg wieder gerodet und Aecker gemacht. Als Grund dafür können ein starker Bevölkerungszuwachs und ein grosser Holzbedarf zum Wiederaufbau des Dorfes nach den Bränden von 1499 und 1513 angenommen werden.

1539 kam wegen der Rodungen auf dem Geissberg mit Bern eine erste Regelung zustande: Bodenzins pro Jucharte gerodeter Fläche drei Schilling.

1557 neuer Dorfbrand, sechs Familien sind betroffen. Feuerstättenverzeichnis von 1563: 66 Feuerstätten, also vermutlich 400 bis 500 Einwohner.

1563/64 kommen wegen der Rodungen wieder Kundschafter von Bern. Sie stellen fest, dass auf dem Geissberg die Ackerfläche ca. 400 Jucharten ist. Sie ist bereits in drei Zelgen eingeteilt: im Norden die obere Zelg, im Süden die untere oder grosse Zelg und zwischen beiden die mittlere Zelg. Um 1568 wurde das Land noch parzelliert. (Ein Parzellenverzeichnis von damals liegt im Gemeindearchiv.) Aber auch in den Gaben, auf Röte, im Rotberg und Nassberg ist neu gerodet und sind die drei Zelgen Röte, Rotberg und «ze nassen Aecheren» eingeteilt worden.

Der Müller Hans Herman baute 1564 die Guntenmühle neu, nachdem er schon 1558 die Beimühle (heute Haus Forrer) aufgebaut hatte.

1577 wurde ein neuer steinerner Schmittenbrunnen errichtet. Die Säule von 1585 auf dem Brunnstock hat Anton Wyg in Brugg behauen. Um die gleiche Zeit entstand auch ein neuer steinerner Halseisenbrunnen, ebenfalls mit einer Säule aus der Werkstatt von Anton Wyg. Die übrigen Brunnen:

Mühlebrunnen, Meierhofbrunnen (neben dem Haus Felber), Vortorerbrunnen,
Obchilerbrunnen

hatten bis ins letzte Jahrhundett hölzerne Tröge und wurden dann in Stein neu errichtet. Zu jedem grossen Brunnen gehörte ursprünglich noch ein Feg- oder Sudelbrünnlein.

Deren von Stuh und Villigen Lächenbrief vom Jahre 1597 (Urkunde auf Pergament im Gemeindearchiv Villigen): Villigen erhält vom Herrschaftswald auf dem Geissberg im Güllenholz, Schrannenhölzli und in den Büechlen total 73 Jucharten zum Lehen. Denne die Bachthalen und holltz der Kommet genampt, 20 Jucharten. Stilli erhielt den Auenrain.

1603 kaufte die Gemeinde Villigen Wald auf dem Reinerberg. Schon 1502 beanspruchte Brugg Herrschaftswald dort. Die Gemeinden im Amt Schenkenberg wehrten sich dagegen. Brugg musste einen Teil an die Herrschaft zurückgeben. 1603 kaufte Villigen einen grossen Teil davon. Aber schon 1631 verkaufte es die Hälfte davon für 992 Gulden an Brugg. Die andere Hälfte erhielt Brugg 1670 auch noch für 1500 Gulden.

1628 wollen auch die Rüfenacher auf den Geissberg zur Weide fahren mit dem Vieh. Die Villiger verbieten dies und bekommen vor dem Gericht Recht. 100 Jahre später probierte es ein Villiger Bürger, der in Rüfenach wohnte und wurde auch gerichtlich abgewiesen.