Peter Carli und sein «täufferisches Ehewyblin» werden des Landes verwiesen. Ihre zwei Mädchen, eines zwei Jahre alt, das andere sechs Wochen, werden verdingt. Schenkenberg zahlte jährlich Beiträge für Nahrung und Kleidung. Landesverweisung im Jahre 1651. Um 1683 sind die Kinder nicht mehr auffindbar.

1678 jagen vier Knaben ein blindes Ross über die Geissbergfelsen hinunter.

Neues Bodenzins-Urbar von 1667: Während in den früheren Urbanen jedes Haus und Grundstück erwähnt wurde, wurde jetzt das urbansierte Land der Gemeinde in 13 Bodenzinsbezirke eingeteilt und der Zins für jeden Bezirk entsprechend der Landqualität festgelegt. Selbstverständlich musste gesamthaft der gleiche Zins herauskommen wie nach der alten Methode.

1691 wieder Brand in Villigen; 1702 nochmals.

1709 und 1729 Zwei unehelich gebärende Frauen werden zu Kindsmörderinnen. Ihre Schwängerer drückten sich vor der Heirat, beides Villiger. Die Frauen werden mit dem Schwert hingerichtet.

Während des ganzen 18. Jahrhunderts taten 104 Villiger in den bernischen Soldregimentern Kriegsdienst: In Frankreich 36 Mann, in Sardinien-Piemont 10 Mann und in den Niederlanden 58 Mann. Nur ein kleiner Teil kam wieder heim.

Aus Notizen von Pfarrer Stäbli in Rein vernehmen wir von drei Grossbränden in Villigen. So brannte 1740 das Haus des Caspar Vogt, Vortor, «wegen einer Wösch» aus. (Heute Haus von Jakob Keller, Hauptstrasse 74). 1746 wurde das Haus unterhalb der Kirche angezündet. 14 Häuser, eine Scheune und eine Säge verbrannten. 28 Haushaltungen wurden betroffen. Alle Häuser Obchilen bis zum Stampfelbach hinaus gingen verloren. Einzig die Kirche und das Schloss blieben verschont. (Das Schloss war ein spätgotisches Haus aus dem Jahre 1543, es wurde 1954 wegen Einsturzgefahr abgebrochen.) Der Brandstifter kam zwei Jahre ins Schallenwerk. 950 Gulden freiwillige Spenden für die Geschädigten gingen ein. 1760 brannte die 1741 erweiterte Guntenmühle aus. Glühende Asch war auf den Estrichboden gestellt worden.

1759 Im Wirtshause, nach einer Musterung, lud ein Soldat sein Gewehr und zielte auf ein Hagscheyeli und schoss. Eine gerade vorbeigehende Frau wurde getroffen und starb. Der Schütze erhielt vier Jahre Landesverweisung als Strafe.

Schon seit 1755 wiesen die Gemeinderechnungen eine immer grösser werdende Schuld an den Wirt Hans Schwarz aus. 1761 wurde dieser beim Obervogt eingeklagt. Bern stellte weitere Untersuchungen an und musste sehen, dass auch in anderen Gemeinden im ganzen Herrschaftsgebiet ähnliche Zustände herrschten. Es erliess nun über die Rechnungsablagen genaue Vorschriften und bestimmte, bei welchen Anlässen auf die Gemeinde hin getrunken werden durfte. Der Wirt musste von seiner Forderung von 650 Gulden 350 Gulden abschreiben.

1771 liess der Guntenmüller Hans Heinrich Kern durch die Stiller Schiffsleute in einer Nacht vom Komet aus Mehl und Getreide über die Aare führen, das für seinen Schwiegersohn Jakob Keller in Weiningen bestimmt war. Getreide- und Mehlexport aus dem Bernbiet waren aber verboten. Busse für den Müller 260 Gulden.

Der Obervogt Niklaus Emmanuel Tscharner veröffentlichte 1771 eine «Physisch-ökonomische Beschreibung des Amts Schenkenberg». Wir entnehmen daraus einige Angaben: «Die Leute sind sorglos, leichtsinnig und arm. Sie wohnen eng ineinander und haben schlechte Erziehung, auch sind die Schulen schlecht».

Nachstehend einige Angaben über die Verhältnisse in Villigen:

Handwerker total 45:

Vieh total 411:

Häuser 94

Auf dem Geissberg wird zunehmend Holz- und Grasfrevel getrieben. Der Bannwart muss die Frevler anzeigen. 1781 werden ihm 62 Reben abgeschnitten.

1784 wird auf dem alten Richtplatz (Pranger) beim Halseisenbrunnen das erste Schulhaus gebaut,
(heute Büro und Kantine von Max Schwarz).

1788 kaufte die Kirchgemeinde Rein bei Schlosser Keisereisen in Brugg eine Feuerspritze.

1789 Ausbruch der Französischen Revolution.

1791/92 Truppen werden ins Welschland aufgeboten.

Die Hochwacht auf dem Besserstein musste 1792 wieder instandgestellt werden und wurde im gleichen Jahre vom 17. Oktober bis 15. November und vom 12. bis 27. Dezember besetzt. Die Besatzungen hatten die Gemeinden Villigen, Stilli, Lauffohr, Rein, Rüfenach, Umiken und Riniken zu stellen.

Wegen der Bedrohung durch österreichische Truppen musste 1796 die Nordgrenze besetzt werden.

Vom 17.12.1797 bis 14.2.1798 war die Hochwacht letztmals besetzt.